Vanliga smittsamma sjukdomar hos hästar är bland annat luftvägsvirus, exempelvis herpesvirus och influensa. Herpesvirus orsakar förutom förkylningssymptom också virusabort, som kan leda till kastning och svagfödda föl. Kvarka och ringorm är andra sjukdomar som kan spridas på grund av dålig hygien.
Salmonella och antibiotikaresistenta bakterier är exempel på smittor som kan spridas till andra hästar, djur och människor. Även till synes friska hästar kan bära antibiotikaresistenta bakterier, som kan få allvarliga följder för den som insjuknar i en sådan infektion, eftersom de är mycket svårbehandlade. Genom god hygien, bland annat i form av rengjorda gäststallar, förebyggs spridningen av dessa infektioner.